游戏舞台设置在18世纪的欧洲，让玩家可以在不同地图中寻找财富和冒险，热衷于航海的玩家必定喜欢这款游戏。
独特的航海系统，玩家可以购买或租用自己的船只，在不断探索的过程中积攒财富，充分感受航海的刺激。
游戏有多个势力可供选择，每个势力都有自己的特色和技能，玩家可以根据自己的喜好选择合适的势力，并使用不同策略来扩大自己在游戏中的影响力。
拥有高度真实的历史事件和场景，从经济到科技，玩家可以与历史大人物互动的同时，也可以体验到不同历史时期的文化特色。
游戏支持玩家之间的社交互动和团队合作。玩家可以组建舰队。
加入协会或加入联盟，与其他玩家一起进行海上冒险和战斗，共同实现各种目标。
游戏中有丰富的探索和任务内容，玩家可以接受各种任务，包括寻找丢失的宝藏，探索未知的海域，解开谜题等等。
玩家可以接受各种任务，包括寻找丢失的宝藏、探索未知的海域、解决谜题等。
这些任务不仅提供了丰富的故事情节，而且可以奖励和提高角色的能力。
大航海时代3中一共有四种职业，分别是「探险家、发掘者、猎人、征服者」，职业将会影响玩者在游戏中较擅长发掘的物品种类。
此外职业的不同亦会影响到角色的基本技能，这些技能包括「运用术、历史学、测量、会计、科学、射击术、剑术以及各种语言」，这些技能有助玩者在金钱、探索等等方面。
由于游戏分配的技能点数并不多，玩者大部分的技能都必须从教会、工业同会或学者邸习得，这个时候，属性中的智力便会产生相当重要的影响。智力越高的人，所能熟系的技能和语言就越多，但无论如何玩者是绝对无法将所有技能都彻底学习透彻的，这时便要依靠其它的伙伴的协助了，通常玩者可以在酒场找到一些没事做的航海士，并聘请他们作为助手，以弥补主角技能上的不足。顺带一题，偶尔在酒场中还会有意想不到的美丽邂逅。
人肉翻译机?
语言是大航海时代3中另一个特别的设计，游戏中一共有14种不同的语言。
语言跟普通的技能不同，语言在和人沟通或阅览书籍时方能发挥其效用，特别是在远走他乡，身处异国之时。
如果玩者尚未习得该语言，或还是不够了解熟悉，画面上就只会出现一堆「XXXXX」而已，完全无法沟通，所以语言可说是玩者在进行探索时绝对不能缺少的技能。
从海上到陆上
陆地上的探索是大航海时代3另一个特色，除了航海之外，玩者也可以骑乘马匹到各地去探险，或是在各城镇港口间往来。
但是费用一点也不便宜，因此在玩者还是选择海路比较化算。
但是如果玩家的资金充裕，而且目的只是为了纯粹探索，走陆路的风险比海路低，玩者甚至可以循着着名的「丝路」，一路走到中国去，很伟大吧!
为了这个设计，游戏中首次加入了内陆城市(如巴黎)，供玩者游历探访，其中不少还拥有可参观的古迹，此外大航海时代3也加入了精彩的陆上战斗，特别是在未知的蛮荒地带，经常会有盗匪、土着出没。
陆上战斗的方法，和我们熟习的海战有很大的距离，整体来说其模式应该类似信长之野望-烈风传，敌我双方站在9x3的棋盘式方格上轮番展开厮杀。玩者可以在战前自行分配兵力，并由众多兵种中选择搭配。
不过要是玩者不喜欢战斗，仍可用金钱换取和平的方法，但不一定可行的。
致富的方法
海上贸易一直都是游戏的主要，象牙仍是最有好赚的生意，只要玩者够勤力够快，多跑非洲几趟，很快就可以把荷包装得满满的。
另一个可以让玩者摇身一变成为巨富的便是香料贸易，好像丁香、豆寇等等，全都可以在欧洲卖到不错的价钱，所以香料可以说是东方国家的金矿。
不过通往东方的路程比较远，而且危机重重，每次去一趟已经花了不少时间，因此近距离的象牙贸易仍是最方便又好购的东西。
签订合约是游戏中另一种收入的来源，在游戏开始时，玩者一定要跟学者签订合约，这样才能获得船只与金钱上的资助。要跟学者签约，玩者要先到港口的图书馆去，在那里有内有各式各样的文献资料，记载着各个传说中的生物、民族、古迹或物品。玩者在阅读过后可以至学者邸、商馆或教会(只有部分提供此选项)主动提出前往寻访的提议，如果获得肯定契约便正式成立。通常玩者必须在一定时间之内完成任务并返回报告，如果超过期限的话，后果会十分严重。
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